מטרת מיזם "בעמק המדרש ומעיין האגדה" היא לקיים ימי לימוד ועיון בעולם המדרש והאגדה, באופן מרוכז אחת לשנה; לימוד ועיון פתוחים לקהל הרחב: דתיים, חילוניים, מבוגרים, צעירים, כל מי שעולם המדרש והאגדה מעניין אותו: ללמוד וללמד; בעמק המעיינות, עמק בית שאן לפתחו של גן עדן. להביא מניחוחו של המדרש לעמק ומבושמו של העמק למדרש, לשלב את קהילת העמק עם קהילות שכנות "בהר ובבקעה" עם אנשים מכל רחבי הארץ, בלימוד ועיון של עולם האגדה והמדרש.

הלימוד והעיון הם בדגש לעולם האגדה והמדרש האגדי של חז"ל: מוטיבים, אישים, קריאה היסטורית, קריאה ספרותית, נוף וטבע, אדם ועמלו, ארץ ישראל, קשר מדרש - מקרא וכו'. ניתן להרחיב לתחומים משיקים כמו היסטוריה, ארכיאולוגיה (עולם בתי הכנסת הגלילי), ספרות משווה (חיצונית), השקה לעולם ההלכה, לשון, שירה ופיוט, ספרות מחשבת ישראל ומחשבת העולם. הדגש הוא על קבוצות לימוד בגישה למדנית אך נגישה ושווה לכל נפש. לימוד מעמיק מתוך קריאה והבנת הטקסטים, ועם זאת - "עם הפנים" לקהל הרחב ביותר, כאמור: דתיים, חילוניים, מבוגרים, צעירים, תלמידי-חכמים ובעלי בתים.